ЛНМО как частное образовательное учреждение дополнительного образования — имеет Устав, Лицензию на ведение образовательной деятельности по дополнительным общеобразовательным программам технической, социально-педагогической и естественнонаучной направленности, сотрудничает с фондом «Время науки» для реализации проекта «Система научных семинаров и проектных групп». Это классическая школа, при этом организация учебного процесса в ЛНМО имеет ряд особенностей:
— для поступления в школу необходимо пройти индивидуальный конкурсный отбор (вступительные экзамены по математике и специальное испытание в рамках выбранного направления);
— классы ЛНМО - это не маленькие группы, а большие дружные коллективы (15-25 человек), для смены деятельности каждого ученика, эффективных эвристических бесед;
— начиная с 7 класса занятия парами с 10 утра;
— ученики ЛНМО сдают сессии (4 устных экзамена в конце каждого полугодия);
— учащиеся одной возрастной группы распределяются в группы по уровню знания английского языка и занимаются с высококлассными педагогами;
— в ЛНМО активно практикуется подготовка к ОГЭ/ЕГЭ в специализированных группах;
— ученики ЛНМО работают с научными руководителями в Системе научных семинаров и проектных групп ЛНМО;
— в ЛНМО развернута сеть взаимодействия с вузами Санкт-Петербурга, ежемесячно проводятся туристические выезды, экскурсии, есть широкая инфраструктура в виде летних научных школ, каникулярных интенсивов.